Program Studi Pendidikan Agama Hindu ada dibawah Jurusan Pendidikan Agama, Fakultas Dharma Acarya. Keberadaan Prodi Pendidikan Agama Hindu memiliki sejarah panjang, bahkan menjadi tongak awal berdirinya Universitas Hindu Negeri I Gusti Bagus Sugriwa Denpasar. Secara historis dapat ditelusuri dari eksistensi lembaga pendidikan agama yakni sekolah Pendidikan Guru Agama Hindu atas Bali Denpasar, di bawah naungan Yayasan Dwijendra yang telah berdiri sejak tahun 1959. Pendidikan Guru Agama Hindu atas Bali Denpasar berubah statusnya menjadi Pendidikan Guru Agama Hindu Negeri (PGAHN) Denpasar pada tahun 1968. Eksistensi lembaga pendidikan ini memiliki peran penting pada waktu itu untuk menyiapkan tenaga pendidik di tingkat Sekolah Dasar dan Sekolah Menengah Pertama sampai Sekolah Menengah Atas. Seiring kebijakan pemerintah, yang menghendaki adanya peningkatan kualifikasi pendidikan para guru, maka sekolah Pendidikan Guru Agama Hindu (PGAH) dihentikan operasionalnya pada tahun 1990. Meningkatkan kualitas sumber daya manusia khususnya tenaga pendidik yang harus berpendidikan tinggi atau memiliki ijazah yang minimal setingkat Diploma Dua atau Diploma Tiga, maka berdirilah Akademi Pendidikan Guru Agama Hindu Negeri (APGAHN) Denpasar pada tahun 1993 dengan menggunakan seluruh aset bekas PGAHN Denpasar dan PGAHN Singaraja.
Tuntutan kualifikasi guru dari pendidikan setingkat Sekolah Menengah Atas (SMA) menjadi Diploma tersurat pada Undang-Undang RI No. 2 tahun 1989 tentang sistem Pendidikan Nasional dan Peraturan Pemerintah No. 30/1990 tentang Pendidikan Tinggi. Selanjutnya pemerintah c.q. Menteri Agama mengeluarkan surat Keputusan No. 58 B tanggal 25 Mei 1993 tentang Pendirian APGAHN Denpasar, yang diresmikan oleh Menteri Agama RI, Dr. H. Tarmizi Taher pada tanggal 25 Mei 1993, dengan membuka Program Studi Diploma 2 (D.2) dan Diploma 3 (D.3) Jurusan Pendidikan Agama Hindu. Perkembangan selanjutnya keluar Keputusan Presiden RI Nomor 20 Tahun 1999, tanggal 3 Maret 1999 tentang pendirian Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri Denpasar (STAHN Denpasar) yang ditandatangani oleh Presiden RI (Prof. Dr. Ing BJ Habibie), dengan membuka empat jurusan, yaitu: Jurusan Pendidikan Agama Hindu, Penerangan Agama Hindu, Hukum Agama Hindu dan Jurusan Filsafat Agama Hindu.
Kemudian pada tahun 2003 melalui SK Menteri Agama RI No. 494 Tahun 2003 tanggal 8 Oktober 2003 tentang kewenangan STAHN Denpasar menyelenggarakan PPs. Program Studi Brahma Widya dan Program Studi Pendidikan Agama Hindu. Masa kepemimpinan Ketua STAHN Denpasar, Drs. I Gede Rudia Adiputra dilakukan penataan bidang akademik diantaranya akreditasi Jurusan Pendidikan Agama dan pembukaan Jurusan Pendidikan Bahasa dan Sastra Agama. Akreditasi pada Jurusan Pendidikan Agama memperoleh nilai B.
Berdasarkan usul peningkatan STAHN Denpasar menjadi Institut, akhirnya pada tanggal 8 Nopember 2004 terbit Peraturan Presiden No.1 Tahun 2004 tentang perubahan STAHN Denpasar menjadi IHDN Denpasar (Institut Hindu Dharma Negeri Denpasar), dan selanjutnya diresmikan pada tanggal 23 Maret 2005 di Bangli oleh Menteri Agama (H. Maftuh Basyuni). Meningkatnya status menjadi IHDN Denpasar tersebut, maka secara administratif Fakultas Dharma Acarya melahirkan dua jurusan, yaitu Jurusan Pendidikan Agama dengan Program Studi Pendidikan Agama Hindu dan Jurusan Bahasa dan Sastra Agama dengan Program Studi Sastra Agama dan Pendidikan Bahasa Bali.
Sejalan dengan Peraturan Menteri Agama Nomor 56 Tahun 2014 mengenai Pendidikan Keagamaan Hindu, Pada Tahun 2015 Fakultas Dharma Acarya kembali mengembangkan dua jurusan dibidang pendidikan, yaitu Jurusan Pendidikan Guru Pendidikan Anak Usia Dini Hindu (PGPAUDH) dan Pendidikan Guru Sekolah Dasar Hindu (PGSDH).
Dibawah kepemimpinan Prof. Dr. Drs. I Gusti Ngurah Sudiana, M.Si. usul peningkatan IHDN Denpasar menjadi Universitas, akhirnya terealisasi pada tahun 2020 berdasarkan Peraturan Presiden No 20 Tahun 2020 tertanggal 23 Januari 2020 IHDN Denpasar berubah menjadi Universitas Hindu Negeri I Gusti Bagus Sugriwa Denpasar diresmikan tanggal 20 Desember 2020 oleh Menteri Agama Jenderal TNI (Purn.) Fachrul Razi S.IP., S.H., M.H. Mendukung cita-cita universitas dan fakultas, Prodi Pendidikan Agama Hindu tidak hanya memfokuskan lulusannya pada pengembangan bidang keilmuan saja, tetapi yang paling utama adalah pengembangan nilai moral dan agama yang diimplementasikan dalam perkuliahan dan juga dalam kehidupan sehari-hari.
Prodi Pendidikan Agama Hindu sebagai salah satu prodi kependidikan juga senantiasa berupaya mengembangkan keilmuan dibidang Pendidikan Agama Hindu sehingga para lulusannya dapat bersaing secara global dan ilmu yang dimiliki bermanfaat bagi masyarakat. Pengembangan kemampuan TPACK (Technological Paedagogical Content Knowlegde) menjadi fokus utama Fakultas Dharma Acarya mewujudkan bagian dari misi tersebut melalui dukungan yang diberikan kepada Prodi Pendidikan Agama Hindu, utamanya mahasiswa untuk terlibat aktif dalam berbagai kegiatan yang melibatkan unsur budaya, pendidikan multikultur, pertukaran budaya, dan kegiatan lainnya.